Es el segundogénito de una familia de nueve hermanos. Estudió con los Hermanos del Sagrado Corazón de San Sebastián. Licenciado en Periodismo por la Universidad de Navarra, Iñaki Gabilondo inició su carrera en el mundo de la radio con 21 años; en 1963 en Radio Popular (COPE) en San Sebastián, de la que fue director con 27 años, y en 1969 pasó a dirigir Radio San Sebastián de la Cadena SER. Dos años más tarde, era nombrado director de la Cadena SER en Sevilla, lo que le llevó al puesto de director de informativos.
Siete años después, en 1978 se incorporó a los servicios informativos de la Cadena SER en Madrid para dirigir Hora 25 y en 1980 fue nombrado director de los Servicios Informativos de la Cadena SER.
